La orden fue fundada por el guipuzcoano Ignacio de Loyola (1491-1556) siguiendo un proceso que comenzó en Manresa, donde la orden fue concebida, y que continuó en París, donde se perfilaron algunos de sus rasgos básicos en los votos de Montmartre en 1534. Posteriormente la orden obtuvo la forma definitiva en Roma en 1539 a partir del voto de obediencia al papa y el proceso culminó el 27 de octubre de 1540, cuando el papa Paulo III promulgó la bula "Regimini militantis Ecclesiae" que otorgaba la aprobación canónica. El fin de la Compañía de Jesús se expresa en esta bula: "Es fundada principalmente para ayudar a las almas en la vida y doctrina cristiana, para la propagación de lo fe por la predicación y ministerio de la palabra de Dios, por los ejercicios espirituales y otras obras de caridad, y especialmente por la instrucción de los niños e ignorantes y consolación espiritual de los fieles, con la administración de los sacramentos". Cuatro españoles formaban parte de los nueve compañeros de Ignacio de Loyola mencionados en la bula: Diego Laínez (Soria), Francisco Javier (Navarra), Alfonso Salmerón (Toledo) y Nicolás Alfonso de Bobadilla (Palencia).En España fue Pedro Fabro, Saboyano, el primer jesuita en predicar. Pronto numerosos candidatos pedían ingresar en la orden y el 1 de Septiembre de 1547 Ignacio de Loyola firmó la patente por la que Araoz era nombrado primer provincial de España, que en ese momento contaba con 41 jesuitas y 6 domicilios. En 1544 se constituyeron tres provincias: Castilla, Andalucía y Aragón, posteriormente se añadiría la de Toledo en 1562, estas cuatro provincias perdurarían hasta la supresión de la orden. Los cien años siguientes a la muerte de Ignacio de Loyola, el 31 de julio de 1556, supusieron la expansión definitiva de la orden por España, fundándose una gran cantidad de colegios por todo el país e iniciando el monopolio de la enseñanza por parte de la orden. En el siglo XVII, por iniciativa del Conde-duque de Olivares, los jesuitas fundan en Madrid unos Estudios Generales con 23 cátedras.Desde el siglo XVIII la Compañía de Jesús ha vivido cinco expulsiones en España: La noche del 2 al 3 de abril de 1767 se puso en marcha un decreto de Carlos III, ejecutado por el Conde de Aranda, por el que se expulsaba a la orden de España y se cerraban sus 112 colegios. Posteriormente Clemente XIV firmó en un breve de 21 de julio de 1773 la supresión de la orden en todo el mundo. La Compañía fue restaurada por Pío VII en 1814, y al año siguiente Fernando VII invitaba al regreso de los jesuitas españoles. Una nueva expulsión se hizo efectiva durante el Trienio Liberal (1820-1823) a partir de un Real Decreto de 15 de septiembre de 1820 que afectó a 436 jesuitas. Éstos retornaron a España en 1823 con la restitución del poder de Fernando VII, pero en julio de 1835 un nuevo Real Decreto volvía a suprimir la orden en España. Fueron rehabilitados como Orden misionera tras el concordato de 1851, y de modo pleno en 1856, pero tras la caída de Isabel II en 1868 se produciría la cuarta expulsión mediante decreto de 13 de octubre. Tras el destierro en Francia, regresa la orden en 1880.Desde 1880 se produce un aumento de los miembros de la orden en España, en 1900 la provincia de Aragón contaba con 1053 jesuitas, la de Castilla con 1121 y la de Toledo con 564. Además se produjeron cambios administrativos con la creación de la provincia de León en 1918 y la de Andalucía en 1924. Durante la II República se produjo la última expulsión de los Jesuitas, mediante decreto de 24 de enero de 1932. Tras el fin de la Guerra Civil la orden es de nuevo rehabilitada en España.